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杨芃原主要研究方向是生物质谱技术和蛋白质分离和分析方法，曾在相关领域发表论文90余篇，其中一半以上在国际SCI刊物上，是我国分析化学领域的中青年学术带头人。在脉冲离子源-质谱/光谱技术的基础性研究，智能光谱/质谱分析的理论和方法研究， 以及在生物质谱新技术和蛋白质质谱分析新方法等研究方面取得了重要的成果，其中脉冲辉光离子源-质谱/光谱技术的基础性研究被国家基金委专家组评为“达到国际先进水平、部分研究工作达到国际领先水平”，并被国际专家称为“完全创新的工作”。有关脉冲电喷雾-生物质谱的工作被国际同行

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